Paytaxt Naxçıvan şəhərindən və 7 inzibati rayondan - Şərur, Babək, Ordubad, Culfa, Kəngərli, Şahbuz, Sədərək təşkil olunub. 5 şəhəri (Naxçıvan, Ordubad, Culfa, Şərur və Şahbuz), 8 qəsəbəsi, 207 kəndi vardır. 

         Naxçıvan Muxtar Respublikası ümummilli lider Heydər Əliyevin sədrliyi ilə yeni Konstitusiya komissiyası tərəfindən hazırlanmış, 1995-ci il noyabrın 12-də keçirilən referendumda qəbul olunmuş Azərbaycan Respublikası Konstitusiyası ilə Azərbaycan Respublikasının tərkibində muxtar dövlət statusu alıb. 

         Ali qanunverici hakimiyyət orqanı Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisidir (45 deputatdan ibarətdir). Azərbaycan Respublikası Konstitusiyası və Naxçıvan Muxtar Respublikası Konstitusiyasına görə muxtar respublika Ali Məclisinin Sədri Naxçıvan Muxtar Respublikasının ali vəzifəli şəxsidir. 

         Icra hakimiyyətini Nazirlər Kabineti, məhkəmə hakimiyyətini isə muxtar respublikanın məhkəmələri həyata keçirirlər.   

         Ulu öndər Heydər Əliyevin sədrliyi ilə keçirilən muxtar respublika parlamentinin 1990-cı il 17 noyabr tarixli sessiyasında muxtar respublikanın rəsmi adından «Sovet Sosialist» sözləri çıxarılmış, qanunverici hakimiyyət orqanının adı dəyişilərək Ali Məclis qoyulmuş, ilk dəfə olaraq Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin (1918-1920) üçrəngli bayrağı Naxçıvan Muxtar Respublikasının dövlət bayrağı kimi qəbul olunmuşdur. 

         Naxçıvan Muxtar Respublikası Ermənistan (sərhəd xəttinin uzunluğu 246 km), Türkiyə (11 km) və Iranla (204 km) həmsərhəddir. 

         Moskva (1921-ci il, 16 mart) və Qars (1921-ci il, 13 oktyabr) müqavilələri imzalanarkən 6 min kvadrat kilometrdən artıq ərazisi olan Naxçıvan Muxtar Respublikasının torpaqları əsassız ərazi iddiası irəli sürən Ermənistan tərəfindən Moskvadakı güclü erməni lobbisinin himayəsi ilə, qanunsuz şəkildə və hissə-hissə ilhaq olunaraq (1924,1928, fevral 1929, may 1969) 5,3 min kvadrat kilometrə endirilmişdir.  

         Azərbaycana qarşı ədalətsiz müharibəyə başlayan Ermənistan Respublikası tərəfindən 1991-ci ildən tam iqtisadi blokadaya alınan Naxçıvan Muxtar Respublikası Sədərək rayonunun Kərki kəndi 1990-cı il yanvarın 19-da ermənilər tərəfindən işğal olunmuşdur. Müharibə nəticəsində muxtar respublikadakı bir qəsəbə və 3 kəndin əhalisi ata-baba yurdundan didərgin düşmüşdür.